Фамилия Биндарев в своей основе имеет прозвище Биндарь. Самая вероятная версия — это фонетический вариант прозвища Бондарь. Бондарем на Руси называли бочара, то есть ремесленника, который делал бочки, кадки и другую деревянную тару. Прозвище было «профессиональным»: оно указывало на конкретное занятие человека и закреплялось за ним или его детьми. Переход «о» в «и» в безударном положении (Бондарь → Биндарь) — явление, типичное для ряда южнорусских и украинских говоров, так что фамилия Биндарев могла возникнуть именно в этой языковой среде.

Есть и вторая, менее распространённая гипотеза: она выводит прозвище Биндарь из чешского benda — «лента, полоска, тесьма» или «цепь». Если следовать этой версии, то предок Биндаревых занимался изготовлением верёвок, тесьмы или цепей. Однако такое объяснение менее убедительно, поскольку связь с бондарным ремеслом и фонетика русского языка дают более естественное и простое толкование.

Суффикс -ев в фамилии — стандартный патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «Биндарев» значит «сын Биндаря». Таким образом, фамилия относится к числу древних русских «профессиональных» фамилий, образованных от прозвищ по роду занятий.