Фамилия Бискупова — женская форма фамилии Бискупов, и её происхождение напрямую связано с польским и чешским влиянием. В русской среде фамилии на -ов/-ев обычно образуются от прозвищ или названий профессий, и здесь основа — «бискуп». Это слово, заимствованное из западнославянских языков, означает «епископ». В польском языке biskup, в чешском biskup — так называли главу епархии. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть либо церковнослужителем в католической традиции, либо получить прозвище Бискуп за сходство с епископом — по манере держаться, одежде или должности в церковном хозяйстве.

Модель образования проста: к основе «Бискуп» добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Бискупа» или «принадлежащий Бискупу». Женская форма Бискупова появилась как естественное грамматическое изменение при передаче фамилии по женской линии. Важно отметить, что в исконно русской традиции слово «епископ» не дало бы форму «бискуп» — это прямое заимствование, что указывает на регионы, где веками соседствовали православные и католики: западные губернии Российской империи, современные Беларусь, Украина, а также Польша и Литва.

В отличие от фамилий вроде Попов или Дьяконов, которые широко распространены в центральной России, Бискупова — редкая. Её географическая привязка чаще всего к бывшим землям Речи Посполитой. Фамилия могла принадлежать не только духовному лицу, но и крестьянину или мещанину, который служил при епископском дворе или получил прозвище за какую-то особенность. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается как массовая, что подтверждает её локальный и нерусский корень.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Бискуп, Бискупский, Бискупович — встречаются в польской и белорусской ономастике. В русском языке ударение, скорее всего, падает на первый слог: Б́искупова, хотя в польском оригинале ударение предпоследнее. Написание с буквой «и» вместо «е» (сравните с «епископ») — ещё одно доказательство прямого заимствования через устную речь, а не через книжную традицию.