Фамилия Благоченкова — женская форма от мужской фамилии Благоченков. В русской ономастике это сравнительно редкий случай: фамилия образована не от имени или профессии, а от отвлечённого понятия — «благо». Однако прямой связи со словом «благо» здесь нет: в основе лежит не церковнославянское «благо», а древнерусское прозвище Благочен, которое могло означать «благочестивый», «добронравный» человек. Суффикс -енков указывает на патронимическое происхождение: Благоченков — буквально «сын Благогочена», то есть потомок человека, носившего прозвище Благочен.

Разберём словообразовательную модель. Основа «Благо-» встречается в ряде русских фамилий (Благов, Благой, Благинин), но суффикс -енков характерен для южнорусских и украинских земель. В центральной и северной России чаще использовали суффиксы -ов/-ев или -ин. Таким образом, носители фамилии Благоченковы, скорее всего, происходят из регионов, где была распространена «малороссийская» модель образования фамилий на -енко, а затем, при адаптации к великорусской системе, суффикс трансформировался в -енков.

Исторически прозвище Благочен могло закрепиться за священнослужителем или за человеком, отличавшимся кротким нравом. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна нет прямого упоминания этой формы, но он отмечает, что фамилии с корнем «благ-» часто давались в церковной среде или как «говорящие» прозвища. Второй элемент — «-чен» — может быть как уменьшительным суффиксом (ср. Иван → Иванченко), так и усечённой формой от «честный» или «чинить» (в значении «делать»). Более правдоподобна первая версия: Благочен — это краткая форма от полного имени или прозвища вроде Благослав или Благочинный.

Встречаемость фамилии Благоченкова невысока. По данным современных телефонных справочников и баз адресов, основные очаги расселения — Воронежская, Ростовская области и Краснодарский край. Это совпадает с ареалом фамилий на -енков, которые после переселения казаков и крестьян на юг России закрепились на Кубани и Дону. Вариант написания с «а» в окончании (Благоченкова вместо Благоченкова) — возможная орфографическая ошибка или диалектная особенность, но в официальных документах фиксируется именно форма с «о» в корне.

Таким образом, фамилия Благоченкова — патроним от прозвища, указывающего на моральные качества предка, с характерным южнорусским суффиксом. Носители этой фамилии — потомки, вероятно, выходцев из малороссийских губерний, осевших на южных рубежах России.