Фамилия Благочины (а также её более краткий вариант Благочин) образована от прозвища, которое чаще всего указывало на род занятий. В Православной церкви благочин — это должность священника, назначенного архиереем для надзора за порядком в определённом церковном округе (благочинии). Такой человек выступал посредником между приходскими храмами и епархиальным управлением. Соответственно, прозвище Благочин мог получить либо сам священник, занимавший эту должность, либо, реже, кто-то из его окружения.

Однако есть и вторая версия: прозвище могло относиться не к должности, а к характеру. Слово «благочинный» в старом русском языке означало «благочестивый», «набожный», «соблюдающий порядок и приличие». Так могли назвать и простого прихожанина, который выделялся строгим поведением и усердием в вере. В этом случае фамилия перешла от мирского прозвища, а не от церковного звания.

Словообразовательно фамилия Благочины стоит в ряду фамилий на -ин, которые в русском языке образуются от основ на -а, -я (в церковнославянском — «благочинный»). Форма множественного числа (Благочины) типична для фамилий, которые закрепились в документах как обозначение целого рода или семьи. Встречается и вариант Благочин, который мог быть исходной формой прозвища или фамилией одного человека.

О точном времени и месте возникновения фамилии судить сложно: процесс закрепления прозвищ в наследственные фамилии шёл несколько столетий. Ясно одно: носители фамилии Благочины — потомки людей, так или иначе связанных либо с церковным управлением, либо с репутацией благочестивого и порядочного человека.