Фамилия Благочинная — редкий случай, когда основа слова сохранила почти церковно-административное значение. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от мирских имён или профессий, эта напрямую связана с должностью благочинного — священника, который в православной церкви надзирал за несколькими приходами определённого округа. Женская форма фамилии указывает, что перед нами не прозвище, а «фамилия жены»: Благочинная — это жена благочинного или, реже, вдова, оставшаяся с таким прозванием.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин- (в женском роде -ин-а) в русских фамилиях традиционно обозначал принадлежность — чей? — то есть «жена такого-то». Ср.: Попов — Попова, Дьяконов — Дьяконова, Благочиннов — Благочиннова. Однако здесь мы видим усечённую форму: не Благочиннова, а сразу Благочинная. Это могло возникнуть в документах XIX века, когда писцы записывали женщину просто как «Благочинная», опуская патронимический суффикс -ов-. В результате фамилия застыла в форме прилагательного женского рода, что на слух звучит как «она благочинная» (то есть «она — жена благочинного»).

По сословной принадлежности носительницы фамилии, скорее всего, относились к духовенству. Благочинные — не рядовые священники, а администраторы среднего звена, назначаемые епархией. Их жёны и дети входили в привилегированную часть клира, но после реформ 1860-х годов многие потомки духовенства переходили в мещанство или купечество. Фамилия Благочинная почти не встречается в крестьянской среде — слишком специфическая основа.

Географически фамилия редкая, тяготеет к центральным губерниям России, особенно к Московской и Ярославской, где система благочиний была развита особенно плотно. В современных телефонных справочниках носительниц этой фамилии можно пересчитать по пальцам, что подтверждает её узкопрофессиональное происхождение: фамилия не размножилась, как, скажем, Попов, потому что благочинных было в сотни раз меньше, чем простых священников.

Спорных версий здесь немного. Иногда любители народной этимологии связывают фамилию с прилагательным «благочинная» в значении «благопристойная, скромная женщина». Но это вторичное осмысление: в русском языке слово «благочинный» как качество человека появилось позже церковной должности. Первично именно административное значение, и фамилия — прямое свидетельство того, что предок носительницы занимал пост в церковном управлении.