Фамилия Благочинова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не прозвище, а церковный административный термин. «Благочиние» в Русской православной церкви — это округ из нескольких приходов, а «благочинный» — священник, назначенный надзирать за порядком в этом округе. Фамилию образовали от этой должности, причем характерен суффикс -ов: Благочинов буквально значит «сын благочинного» или «принадлежащий благочинному».

Форма Благочинова — женская, но в быту фамилия не склонялась по полу до XIX века, когда закрепилась норма: для замужней женщины — окончание -а, для девицы — -ина. Однако в современных документах это просто женский вариант, который не меняет происхождения.

Интересно, что фамилия почти наверняка искусственная, семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам часто давали фамилии по церковным реалиям, праздникам, должностям или переводили на латынь и греческий. Благочинов — прозрачный пример: он мог достаться сыну священника, который служил благочинным, или же самому семинаристу, которому наставник дал «говорящую» фамилию за примерное поведение.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такие образования отнесены к группе семинарских фамилий, созданных по модели «благ-» + корень. Встречаются варианты Благочиннов с двойным -н- (от слова «благочинный»), но написание с одной «н» — Благочинов — тоже фиксируется и может указывать на то, что фамилию давали не от прилагательного «благочинный», а от существительного «благочиние».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где было много семинарий: Владимирская, Костромская, Ярославская, Вологодская. Встречается она нечасто, что подтверждает её узкопрофессиональное происхождение — носителями были в основном потомки духовенства, а не крестьян или дворян.