Фамилия Благочиннова — женская форма от Благочиннов, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища или мирского имени Благочинный. Это редкий случай, когда в основе фамилии лежит не просто слово, а конкретный церковный термин, закреплённый в русской иерархии.

Самый прямой путь к происхождению — «профессиональное» прозвище. В Православной церкви благочинный — это должность, а не сан. Благочинного назначает правящий архиерей из числа священников, чтобы тот наблюдал за порядком в определённом церковном округе (благочинии) в составе епархии. Он выступал посредником между приходами и епархиальным управлением, своего рода «староста» над несколькими храмами, хотя и не имел административной власти над другими священниками. Человек, занимавший эту должность, легко получал соответствующее прозвище, которое затем перешло к его детям и закрепилось в фамилии.

Есть и вторая, менее официальная версия. Благочинным в народе могли прозвать не священника, а простого прихожанина — за подчёркнуто набожное, благочестивое поведение, за строгое соблюдение обрядов. Такое прозвище давали скорее в знак уважения или, наоборот, с лёгкой иронией, если человек слишком рьяно следил за чужим благочестием. Но первая версия — через должность — выглядит убедительнее, потому что слово «благочинный» было хорошо знакомо именно как административный термин, а не как бытовая характеристика.

С точки зрения словообразования фамилия проста: суффикс -ов- присоединился к основе «Благочинн», чтобы образовать типичную русскую фамилию-притяжательное прилагательное («чей?» — Благочиннов). Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду. Интересно, что в основе слова два корня: «благо» (добро, хорошо) и «чин» (порядок, устав). Буквально — «блюститель доброго порядка».

Эта фамилия — редкий пример, когда социальный статус предка угадывается почти безошибочно. Скорее всего, родоначальник Благочинновых был священнослужителем, причём не рядовым, а облечённым доверием архиерея. Встречаемость фамилии невысока, что тоже говорит в пользу её «кабинетного», а не массового происхождения: должность благочинного была одна на округ, а не на каждую деревню.