Фамилия Благочинные (в исходной форме — Благочинный) образована не от личного имени, а от прозвища или, точнее, от названия церковной должности. В основе лежит слово «благочинный» — так в Православной церкви называют священника, назначенного архиереем надзирать за порядком в округе из нескольких приходов (благочинии). Благочинный был посредником между приходским духовенством и епархиальным управлением: собирал отчеты, следил за состоянием храмов и поведением клира, но при этом не имел административной власти над другими священниками, будучи скорее их «старостой». Поэтому первым носителем фамилии мог быть либо сам человек, занимавший эту должность, либо его потомок, получивший фамилию по отцу.

Однако не стоит исключать и прозвищное происхождение. Благочинным в народе могли назвать не только священника, но и мирянина — набожного, благочестивого прихожанина, который строго соблюдал церковные порядки. В этом случае фамилия отражает не профессию, а личное качество или манеру поведения человека. Фамилии такого типа — от прозвищ по черте характера — встречаются в славянской ономастике не реже, чем от названий должностей, и разграничить эти два случая без прямых архивных записей бывает сложно.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия Благочинный — это субстантивированное прилагательное в мужском роде, которое перешло в разряд фамилий без типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Такая форма чаще встречалась в южнорусских и украинских землях, где фамилии на -ый, -ий были распространены шире, чем в центральной России. В северных и центральных регионах подобное прозвище скорее оформилось бы как Благочинников или Благочиннов — с добавлением суффикса принадлежности. Поэтому географически фамилия Благочинный тяготеет к западу и югу славянского мира, хотя со временем могла распространиться и за пределы первоначальной местности.

Судя по всему, фамилия не принадлежала к числу массовых крестьянских — её носителями чаще были люди, связанные с церковной средой или городскими сословиями. В дореволюционных метрических книгах Благочинные встречаются как среди духовенства, так и среди мещан, что подтверждает двойственность происхождения: одни семьи вели род от реального благочинного, другие — от человека, получившего меткое прозвище за своё благочестие. Точное время возникновения фамилии установить трудно: церковная должность благочинного известна с XVIII века, но прозвище могло появиться и раньше, в допетровскую эпоху. Окончательный ответ дадут только генеалогические разыскания в конкретной местности.