Фамилия Благочинный — редкий случай, когда фамилия прямо совпадает с названием церковной должности. В дореволюционной России такие «должностные» фамилии давали либо самому священнику, занимавшему этот пост, либо, что бывало чаще, его детям при поступлении в духовное училище. Так фамилия, минуя прозвище, закреплялась за целым родом.

В Православной церкви благочинный — это священник, которого архиерей назначает смотрителем за порядком в группе приходов (благочинии). Он не начальник в административном смысле, а скорее «староста» среди равных: следит за исправностью богослужений, решает мелкие конфликты, передает распоряжения епархии. Должность появилась в XVIII веке при реформах церковного управления, и фамилия Благочинный не могла возникнуть раньше этого времени.

Менее вероятно, но возможно, что прозвище Благочинный дали не служителю, а мирянину — за подчеркнутую набожность и благонравное поведение. В народе словом «благочинный» могли назвать человека, который соблюдает все обряды, не пропускает служб и ведет строгую жизнь, но не имеет священного сана. Однако в этом случае фамилия осталась бы единичной, а не образовала целый род — духовенство же передавало такие именования из поколения в поколение по наследству.

Суффикса в фамилии нет: она представляет собой застывшую форму прилагательного, перешедшего в разряд существительных. Такая модель редка для русских фамилий — чаще встречаются образования на -ов, -ин или -ский. По этой причине фамилия Благочинный в XIX веке часто «русифицировалась»: в метрических книгах можно найти варианты Благочинов и Благочиннов, где добавлен типовой суффикс для приведения к привычному звучанию.

Социально фамилия почти наверняка указывает на происхождение из духовного сословия. В среде священников фамилии нередко давали по названиям церквей, праздников или должностей — и Благочинный стоит в этом ряду рядом с фамилиями Протопопов, Дьяконов, Ключарев. Если предки и не занимали эту должность, фамилия могла возникнуть в семинарии как «искусственная», данная ученику за примерное поведение или успехи.