Фамилия Благодурова образована от прозвища или нецерковного имени Благодур. В её основе лежит сложение двух корней: «благо-» (добро, хорошее) и «-дур», которое в древнерусском языке могло означать «глупец», «безумец», но также и «бесноватый», «одержимый». Сочетание выглядит парадоксальным: «благой глупец» или «добрый безумец». На самом деле здесь отражено народное представление о «блаженном» или юродивом — человеке, который кажется окружающим странным или не от мира сего, но при этом считается угодным Богу, чистым сердцем. В христианской традиции таких людей называли «блаженными» или «благоюродивыми», а просторечное «благодур» — это как раз народный, более грубый вариант того же понятия.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на принадлежность: Благодуров — сын Благодура. По модели это типичная русская патронимическая фамилия, распространённая в среде крестьян и посадских людей. Встречается она преимущественно в центральных и северных губерниях России, где были сильны старообрядческие и народно-православные традиции, сохранявшие архаичные прозвища.

Однокоренные фамилии — Благодуров, Благодурин, Благодушин — редки. Они не попали в массовые списки дворянских родов, что подтверждает их простонародное происхождение. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные сложные прозвища с корнем «дур» рассматриваются как характерные для русской ономастики, но без детального разбора конкретных фамилий.

Таким образом, носитель фамилии Благодурова может с высокой вероятностью считать, что его предки получили прозвание за черту характера или поведение, напоминавшее юродивого или блаженного — человека, которого в деревне считали «божьим человеком», но называли по-свойски, без излишней почтительности.