Фамилия Близнаковы образована от прозвища Близня, и её происхождение уходит корнями в народную речь славян. В основе лежит слово «близкий», но, в отличие от многих фамилий на «-ов», здесь есть несколько возможных смысловых поворотов.

Самое прямое объяснение — прозвище мог получить человек, к которому окружающие испытывали симпатию, «близкий» по духу. Однако более конкретную версию даёт связь с украинским и южнорусским словом «близнюк» — «близнец». В таком случае прозвище Близня мог носить либо сам близнец, либо отец близнецов. В среднерусских говорах это слово имело и бытовое значение — «сосед» или «товарищ», то есть человек, с которым живут рядом, «близко».

Суффикс «-ак» (в форме Близняк) типичен для прозвищ, указывающих на характерный признак или обстоятельство, а последующее прибавление «-ов» превратило прозвище в фамилию: Близняк → Близняков. Форма Близнаков могла закрепиться из-за акающего произношения в южных и центральных говорах, где безударное «я» звучит как «и» или «е».

Таким образом, предок рода Близнаковых — это, скорее всего, человек, которого выделяли по родственной связи (близнец) или по соседству. Точное время возникновения фамилии установить сложно: такие прозвищные фамилии массово оформлялись в XVI–XVII веках, но могли закрепиться и позже, в среде крестьянства, где фамилии часто были неофициальными до реформ XIX века.