Фамилия Близнюковы происходит от прозвища Близнюк. В её основе лежит украинское слово «близнюк» — «близнец». Скорее всего, прозвище дали отцу, у которого родились двойняшки, или же самому одному из близнецов. В среднерусских говорах у слова «близнюк» было и другое значение — «сосед» или «товарищ», так что прозвище могло указывать на дружеские или соседские связи, а не только на родство.

Фамилия образована по типичной русской модели с патронимическим суффиксом -ов, который добавляется к основе на твёрдый согласный. Близнюков — буквально «сын Близнюка». Такая модель массово закрепилась в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ов/-ев стали стандартом для большинства крестьян и мещан центральной России. Однако корень «близн-» отчётливо указывает на украинское или южнорусское происхождение прозвища: именно в украинском языке «близнюк» — основное слово для близнеца, тогда как в великорусских говорах чаще использовали «двойник» или «близнец».

Интересная деталь: фамилия Близнюков — редкий случай, когда в русском родовом имени сохранилась украинская лексическая основа без адаптации. Если бы фамилия формировалась на севере или в центральных областях, скорее всего, прозвище звучало бы как Близнец или Двойников. Поэтому географически фамилия Близнюковы тяготеет к южным регионам — Слобожанщине, Донщине, Кубани, где украинское влияние на русские говоры было сильным.

В точности сказать, когда и где именно появилась фамилия, невозможно: фамилии на -ов фиксировались в документах нерегулярно, а крестьянские прозвища могли передаваться устно несколько поколений, прежде чем закрепиться на письме. Но сама словообразовательная модель и корень позволяют уверенно отнести её к пласту славянских фамилий, связанных с семейными обстоятельствами или соседскими отношениями.