Фамилия Бобаковы (в мужском варианте Бобаков) строится по простой и распространенной модели: к основе — прозвищу Бобак — добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Получилось буквально «чей?» — «сын или потомок Бобака». Разговор о происхождении фамилии — это прежде всего разговор о самом прозвище, и здесь есть несколько версий, причем не все они лежат на поверхности.

Самое очевидное: прозвище Бобак связано с бобом — зерном стручковых растений. На первый взгляд кажется, что предок мог быть огородником, выращивавшим бобы на продажу. Такое «профессиональное» объяснение встречается часто, но у слова «боб» в славянских говорах был и другой, куда более интересный смысл. В карпатских диалектах, у поляков и у русских выражение «наесться бобов» означало забеременеть. В восточной Сербии существовал обряд: невеста брала с собой столько бобов, сколько лет не хотела иметь детей, а потом сеяла их и съедала, чтобы наконец родить. Поэтому Бобаком могли прозвать не огородника, а многодетного отца — человека, который «наелся бобов» в переносном смысле. Эта версия менее известна, но она опирается на реальную этнографию и объясняет прозвище не через ремесло, а через семейное положение.

Есть и третий, чисто бытовой вариант: на юге России и в Украине «бобаком» иногда называли крошечного, щуплого человека или новорожденного младенца. Прозвище могло закрепиться за невысоким мужчиной и со временем перейти в фамилию.

Фамилия Бобаков нередкая, но и не массовая. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России, а также в украинских землях, что хорошо соотносится с ареалом слов «бобак» и «боб». В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение или владение землей, фамилия Бобаков — типично крестьянская, патронимическая. Ее носители были, скорее всего, свободными земледельцами или казаками, а не помещиками.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс шел постепенно, в разных регионах — с XV по XVII век. Но сама модель образования (прозвище + -ов) говорит о том, что окончательно фамилия оформилась не позднее XVII столетия, когда такие патронимы стали наследственными.