Фамилия Бобрынёв — это патроним, образованный от прозвища или нецерковного имени Бобрыня, а не напрямую от слова «бобр». В этом её отличие от более распространённой фамилии Бобров. Суффикс -ын- (в форме притяжательного прилагательного Бобрынин) под влиянием «аканья» и последующей унификации фамильных окончаний превратился в -ынёв. На слух Бобрынёв воспринимается как фамилия с суффиксом -ёв, но исторически в её основе лежит именно -ин, что указывает на принадлежность к конкретному человеку: «чей?» — Бобрынин сын, со временем — Бобрынёв.

Само имя Бобрыня — уменьшительно-ласкательная форма от Бобр. В древнерусской антропонимии имена по названиям животных были обычным делом: их давали не из-за внешнего сходства, а как обереги или пожелания силы, трудолюбия, хозяйственности. Бобр в народном сознании — зверь уважаемый, основательный, работящий. Так что Бобрыня могли прозвать человека крепкого, домовитого, с «бобровой» хваткой. В говорах слово «бобрыня» могло означать и самку бобра — тогда прозвище могло быть ироническим.

Географически фамилия Бобрынёв тяготеет к южнорусским и центральным областям — Курской, Воронежской, Тульской, а также встречается на Украине, что объясняется общими корнями восточнославянской модели образования фамилий на -ин/-ын. В дореволюционных переписях Бобрынёвы часто записаны в крестьянском и мещанском сословиях, без связи с дворянскими родами — это «народная» фамилия, возникшая в среде, где человека называли по отцу или по прозвищу, а не по месту службы или владения.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Бобрынёв стоит в одном ряду с Бобринским (от боярского рода, ведущего начало от Григория Бобры, сына Дмитрия Донского) и Бобровым (от прямого прозвища Бобр). Но если Бобринский — фамилия книжная, аристократическая, то Бобрынёв — крестьянская, патронимическая, с характерным простонародным суффиксом. Это не делает её «менее интересной» — напротив, она сохранила живую разговорную форму, которая редко попадала в официальные документы и потому встречается реже.