Мужское крестильное имя Богдан пришло в русский язык из Болгарии и переводится как «данный богом». В основу фамилии легла производная форма имени - Богданка. Скорее всего, основатель фамилии Богданкиных был представителем простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Богданка, со временем получил фамилию Богданкина.