Фамилия Богданкина образована от мужского крестильного имени Богдан, которое пришло в русский язык из Болгарии и переводится как «данный богом». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Богданка. Такие уменьшительные варианты были распространены в повседневном общении, особенно среди простых людей, где полное имя часто заменяли более коротким и привычным.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Богданкина буквально означает «дочь (или жена) Богданки». Со временем фамилия закрепилась за потомками, и её носителями могли быть как крестьяне, так и мещане — представители непривилегированных сословий, где такие «домашние» имена были особенно ходовыми.

Интересно, что фамилия Богданкина имеет редкую особенность: она образована не от полного имени, а от ласкательной формы, что встречается реже, чем, например, фамилии на -ов (Богданов). Это делает её отличительной на фоне более распространённых однокоренных вариантов. Если сравнивать с фамилией Богданов, которая могла принадлежать и знатным родам, то Богданкина почти наверняка указывает на происхождение из среды, где имя Богданка бытовало как обиходное.

В ономастических справочниках, например в работах Б. Унбегауна, подобные фамилии на -ин от женских форм имён рассматриваются как характерный признак русской народной традиции. Таким образом, фамилия Богданкина — не просто указание на имя предка, а отражение бытовой речевой культуры, где ласкательные имена передавались из поколения в поколение.