Мужское крестильное имя Богдан пришло в русский язык из Болгарии и переводится как «данный богом». В основу фамилии легла производная форма имени - Богданок. Скорее всего, основатель фамилии Богданковых был представителем простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Богданок, со временем получил фамилию Богданкова.