Фамилия Богданкова образована от мужского крестильного имени Богдан, которое пришло в русский язык из Болгарии и означает «данный богом». В основу фамилии легла уменьшительная или производная форма этого имени — Богданок. Такие формы были распространены в простонародной среде: на Руси имя Богдан часто давали ребёнку, которого считали «богоданным», то есть долгожданным или рождённым после молитв.

Суффикс -ок в основе Богданок указывает на ласкательное или обиходное именование, характерное для крестьянской и мещанской среды. Сама фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Богданок добавился суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женскую линию или на принадлежность (в родительном падеже: «Чья? — Богданкова»). Таким образом, фамилия буквально означает «дочь (или жена) Богданка».

Скорее всего, основатель рода Богданковых был представителем простого сословия — крестьянином или ремесленником, поскольку полные церковные формы имени (канонический вариант — Феодор, но Богдан не входил в святцы) в среде знати и духовенства использовали реже. Напротив, в южнорусских и белорусских землях имя Богдан встречалось особенно часто, и фамилии с основой Богдан- (Богданов, Богданович, Богданков) там широко распространены.

Форма Богданкова — женский вариант фамилии, но в современном русском языке она закрепилась как неизменяемая фамилия женщины. Мужской аналог — Богданков — встречается реже, но этимологически они неразрывны. В старых переписных книгах можно найти упоминания крестьян Богданковых в центральных губерниях России, однако точная география бытования фамилии требует отдельного изучения по архивным данным.

В итоге фамилия Богданкова — это типичный пример русской фамилии, образованной от просторечной формы христианского имени с прозрачной внутренней формой: «богом данный». Она не несёт в себе ни дворянских, ни редких диалектных черт, но именно в этой непритязательности и кроется её ценность как живого свидетельства народной традиции имянаречения.