Фамилия Богодушко звучит необычно даже на фоне других «божественных» русских фамилий вроде Богданов или Боголюбов. Её основа — «Богодух» или «Богодуша» — редкое личное имя или прозвище, которое давали человеку с особым душевным складом. В народной среде такие имена не несли кощунственного смысла: «Божья душа» или «дух Божий» могло означать кроткого, набожного человека, которого считали чистым сердцем. Суффикс -ко — типичный для украинской, белорусской и южнорусской антропонимии уменьшительно-ласкательный или патронимический (указывающий на происхождение от отца). Так что Богодушко — это буквально «маленький Богодух» или, скорее, «сын Богодуха».

Словообразовательная модель здесь простая, но показательная. Основа «Богодух-» или «Богодуш-» (с чередованием х/ш) восходит к сложению корней «бог» и «дух» (или «душа»). В древнерусских и староукраинских именах такие двухосновные конструкции были обычны: Богуслав, Богумил, Богдан. Но «Богодух» встречается реже — возможно, это калька с греческого имени Пневматиос или просто народное прозвище, данное человеку, который часто поминал Бога или казался окружающим «не от мира сего». Фамилия могла закрепиться и в церковной среде: её могли дать послушнику или причетнику, которого в миру звали Богодухом.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Суффикс -ко характерен для Поднепровья, Галиции и Волыни. В современных базах данных Богодушко встречается в основном в Черкасской, Киевской и Житомирской областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В России фамилия редкая, и её носители часто не помнят исходного значения — воспринимают её как данность, не задумываясь о «божественном» подтексте.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять эволюцию. Богданов — массовая фамилия от канонического имени Богдан («Богом данный»). Богодушко стоит в том же ряду, но с другим оттенком: если Богдан — это дар, то Богодух — это свойство. По сути, фамилия могла закрепиться за человеком, которого в общине прозвали «богодушным» — то есть милостивым, сострадательным или, наоборот, чрезмерно благочестивым до чудаковатости. В любом случае, это не случайное прозвище, а осмысленное именование, которое несло оценку личности.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: Богодушко встречались и среди казаков, и среди крестьян, и среди мещан. В ревизских сказках XIX века эта фамилия нередко записана с вариантами — Богодушенко, Богодушков, что только подтверждает её народное происхождение и отсутствие жёсткой фиксации у писцов.