Фамилия Боголюбов — яркий пример так называемой «боговой» фамилии, где корень БОГ- соединился с корнем ЛЮБ- от глагола «любить». Прямое значение — «богом любимый». Скорее всего, это семинарская фамилия: в духовных училищах и семинариях будущим священникам часто давали фамилии с возвышенным, благочестивым смыслом, и Боголюбов — одна из них. Искусственное происхождение объясняет, почему фамилия не связана напрямую с конкретным ремеслом или прозвищем предка.

Существует и другая версия, менее правдоподобная: будто фамилия образована от названия Боголюбово — резиденции князя Андрея Боголюбского в XII веке. Сейчас это посёлок городского типа во Владимирской области. Однако вряд ли фамилия пошла от топонима: гораздо логичнее, что сначала появилось прозвище или семинарское имя Боголюб, а уже от него — фамилия Боголюбов. Потомки человека с таким именем или прозвищем со временем и стали Боголюбовыми.

Фамилия эта не крестьянская и не ремесленная, а книжная, что сразу отличает её от многих других русских фамилий. Встречается она не так часто, как, скажем, Иванов или Смирнов, но зато её значение прозрачно и не вызывает споров — в отличие от фамилий с тёмной или утраченной этимологией.