Фамилия Боголюбцева — женская форма фамилии Боголюбцев, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. В русских фамилиях часто встречаются суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, но -цев встречается реже и указывает на принадлежность к группе людей по их общему признаку или занятию. Суффикс -ец (в родительном падеже -ца) образует названия лиц по их свойству или происхождению: например, «кузнец» → Кузнецов, «стрелец» → Стрельцов. Здесь основа — «боголюб», то есть «тот, кто любит Бога» или «боголюбивый человек».

Первое, что приходит в голову: прозвище Боголюб или Боголюбец могли дать человеку набожному, усердному в молитве, возможно, монаху или страннику. Но в русской ономастике есть и другая, более конкретная версия. Фамилия Боголюбцев могла возникнуть в среде духовенства: «боголюбцами» в старину называли не просто верующих, а членов так называемого «кружка боголюбцев» — ревнителей благочестия середины XVII века, которые стремились к очищению церковных обрядов. Хотя этот кружок был связан с будущим патриархом Никоном, часть его участников позже оказалась в оппозиции. Потомки кого-то из них могли получить фамилию по этой характеристике.

Морфологически фамилия прозрачна: корень «бог» + соединительная гласная «о» + корень «люб» + суффикс -ец (в форме -цев) и родовое окончание -а. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Боголю́бцева, хотя в разговорной речи встречается вариант с ударением на «у». Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, и её география не привязана к одной области — носители встречаются в центральной России и на Урале, что говорит о позднем закреплении фамилии (XVII–XVIII века), когда люди с прозвищами расселялись шире.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Боголюбов, Боголюбский — показывает разницу в социальном статусе. Боголюбовы чаще принадлежали к дворянству или духовенству (от названия села Боголюбово), а Боголюбцевы — к крестьянам или мещанам: суффикс -цев выдаёт прозвище, а не топоним. Так что предок носительницы фамилии был, скорее всего, простым человеком, которого в церковной или сельской общине запомнили за особенное благочестие, и это прозвище перешло в фамилию его детям.