Фамилия Боковня — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные созвучия, самая вероятная версия связывает её с географическим названием или прозвищем, а не с профессией или крестильным именем.

Основа фамилии — «боковня». В русских говорах этим словом называли боковую пристройку к дому, флигель, или же часть хозяйственного строения. Человек мог получить прозвище Боковня, если жил в отдельной пристройке, а не в основном доме, или если его усадьба стояла на отшибе, «сбоку» от деревни. В этом случае фамилия — типичное «географическое» прозвище по месту жительства, таких немало в русской ономастике (Задворный, Заугольный, Придорожный).

Суффикс «-ня» в фамилии необычен. В русских фамилиях чаще встречаются суффиксы принадлежности (-ов, -ин) или притяжательные. Форма на «-ня» — это застывшее прозвище в именительном падеже, которое не склонялось по модели «чей?». Такие фамилии (Боковня, Кривоня, Рыжня) характерны для южнорусских и украинских территорий, где прозвища часто переходили в фамилии напрямую, без добавления патронимического суффикса. Боковня, скорее всего, оформилась как фамилия в среде крестьян или однодворцев юга России (Курская, Воронежская, Белгородская губернии).

Есть и более прозаичная версия: от слова «бок» в значении «сторона, край». Прозвище Боковня мог получить косой человек, хромой или тот, кто ходил, наклонившись на один бок. Однако для такого значения чаще использовали слово «боковой» или «кривобокий», поэтому версия с флигелем выглядит правдоподобнее.

Фамилия редкая, в списках столбового дворянства не встречается. Её носители — потомки крестьян или мещан, у которых прозвище закрепилось без изменений, минуя стандартную модель на «-ов». Встретить Боковню сегодня можно в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси, что подтверждает её западнорусские корни.