Фамилия Болденков — одна из тех, где за привычным звучанием стоит грубоватое, но меткое прозвище. Основа здесь — диалектное слово «болда», которое в разных говорах означало «большой молот, кувалда», «тяжелая колотушка», «набалдашник» или даже «шишка, нарост». Человек, получивший такое прозвище, мог быть силачом, плотником, кузнецом или дорожным рабочим — тем, кто имел дело с тяжелым ручным инструментом. В переносном смысле «болдой» иногда называли упрямого, грузного или неуклюжего мужчину.

Модель образования фамилии — классическая для юга и центра России. Фамилии на -ов формировались от имен или прозвищ, оканчивающихся на согласный: Болда → Болденко (уменьшительная или «малая» форма) → Болденков. Суффикс -енк- в основе — украинского или южнорусского происхождения, он указывал на потомка или младшего члена семьи. Таким образом, Болденков — это «сын Болденка», то есть сын человека, которого звали Болда или Болденко.

В документах XVI–XVII веков следы этого прозвища заметны. В 1564 году в Олонце упоминается крестьянин Кондрат Балда. Позже, в 1673 году, в Орле записан пушкарь Ивашко Болденков, а в 1679 году — короченец Григорий Болденков, сын боярский. Последний факт особенно интересен: носитель фамилии принадлежал к служилому сословию, а не к крестьянам, что говорит о разном социальном статусе людей с одной и той же прозвищной основой.

Версия о том, что род Болденко переехал в Россию, где фамилия получила русский суффикс -ов, — правдоподобна, но не единственная. Фамилии с суффиксом -енков встречаются и в исконно русских областях, особенно в бывших землях Северской Украины и на юге Московского государства, где смешение украинских и русских антропонимических моделей было обычным делом. Поэтому Болденков мог сформироваться и на месте, без переезда, как естественная русификация исходной формы Болденко.

В словаре Б. Унбегауна фамилия не выделена отдельно, но разбор корня «болд-» и суффикса -енков укладывается в описанные им закономерности образования русских фамилий от прозвищ, связанных с физическими свойствами или орудиями труда.