Фамилия Болденко образована по распространённой на востоке Украины модели: суффикс -енко указывает на прямое родство, буквально «сын Болды» или «потомок Болды». Это типичная украинская фамилия, которая в русских землях чаще принимала форму Болденков (с суффиксом -ов).

В основе фамилии лежит прозвище Болда. Значение этого слова многозначно и сильно зависит от местности. В нижегородских говорах «болда» — это толстое корневище, дубина или палица. В вологодских — высокий, неуклюжий человек. В рязанских — сплетник или баламут. Общий корень этих значений — нечто грубое, тяжёлое или громоздкое: от деревянной колотушки до тяжёлого молота (кувалды).

Вероятнее всего, прозвище Болда относилось к «профессиональным» именованиям. Так могли назвать человека, который в своём ремесле постоянно использовал болду: плотника с колотушкой, кузнеца с молотом или дорожного рабочего с трамбовкой. Менее вероятно, но возможно, что прозвище дали по внешнему виду — высокому и неуклюжему человеку, или по характеру — сварливому спорщику.

В документах XVII века встречаются однокоренные фамилии: Григорий Болденков (1679 год) и Ивашко Болденков, орловский пушкарь (1673 год). Эти записи подтверждают, что прозвище было в ходу и что фамилия бытовала не только в украинских землях, но и в южнорусских областях, где работали служилые люди.