Фамилия Болкисов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её происхождение можно связать с двумя разными корнями, и оба имеют право на существование.

Первый, наиболее вероятный вариант — от имени Болкис. В русской ономастике есть тюркское имя Болкис (или Балкис), которое восходит к библейской царице Савской (в исламской традиции — Билкис). Имя это было известно у народов Поволжья и Кавказа, откуда могло попасть в русскую среду через торговые или военные контакты. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилии по отчеству: Болкис → Болкисов — «сын Болкиса». Если принять эту версию, предок носителя фамилии мог быть крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, получившим православное имя или прозвище по имени легендарной царицы.

Вторая версия — от прозвища Болкис, связанного с диалектным словом «болкать» — говорить невнятно, бормотать, или «болкнуть» — ударить. В северных и сибирских говорах «болкис» могло означать человека неразговорчивого, ворчливого или, наоборот, того, кто «болкает» без умолку. Такое прозвище могли дать за манеру речи или характер. Фамилии на -ис встречаются редко, но в русской традиции они возможны, особенно если исходное прозвище оканчивалось на согласный (как Болкис).

Географически фамилия крайне малочисленна. В современных базах данных и телефонных справочниках Болкисовы встречаются единично, преимущественно в центральных областях России и на Урале. Это говорит о том, что фамилия не успела распространиться широко и, скорее всего, имеет одного или нескольких общих предков.

Словообразовательная модель проста: основа Болкис + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Бо́лкисов, хотя возможен и вариант на второй слог, если имя произносили как Болки́с. Спор между тюркским и русским диалектным происхождением решается в пользу первого: имя Болкис документально зафиксировано в исторических записях, тогда как прозвищная версия остаётся гипотетической из-за редкости самого слова «болкис» в говорах.