Фамилия Болкисова — женская форма фамилии Болкисов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Болкис. Слово «болкис» в русских говорах не зафиксировано как общеупотребительное, и это заставляет искать его корни в тюркских языках. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «балкиш» (подарок, дар) или «балык» (рыба) с характерным для южнорусских и украинских говоров оглушением и переходом «а» в «о». То есть прозвище Болкис мог означать «рыбак», «торговец рыбой» либо «дарёный», «тот, кого подарили» (в родительном смысле — долгожданный ребёнок).

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, указывая на принадлежность («чей сын?» — Болкисов). Окончание -а в женском варианте просто указывает на то, что носительница — женщина. Географически фамилия редкая и тяготеет к регионам, где исторически смешивались славянское и тюркское население: Поволжье, Урал, южные области России. Встречается она и в казахстанских архивах, что подтверждает версию о тюркском происхождении.

С точки зрения сословной принадлежности, Болкисовы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ов у дворянства обычно образовывались от полных христианских имён (Иванов, Петров), а не от прозвищ. В документах XIX века Болкисовы фиксируются как государственные крестьяне, что исключает принадлежность к высшим слоям. Если искать параллели, то фамилия родственна более известным Балыковым и Балкиным, но сохранила более архаичную огласовку. Спорной можно считать версию о связи с литовским «balkis» (белый) — она маловероятна, так как ареал фамилии не пересекается с балтским влиянием.