Фамилия Болноков — редкий случай, когда за основу взято не имя и не ремесло, а, скорее всего, диалектное прозвище. В её основе лежит слово «болнок» — так в некоторых русских говорах (особенно в северных и сибирских) называли болячку, нарыв или просто больное, нездоровое место. Человек мог получить прозвище Болнок по внешнему признаку (например, из-за кожного заболевания или последствий травмы) или по характеру — так могли назвать обидчивого, «чувствительного» человека, который остро реагировал на любую колкость.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Болноков — сын Болнока. То есть фамилия закрепилась за потомками человека, которого в быту звали не по крестильному имени, а по этой яркой, хоть и не самой лестной, характеристике. В старину прозвища, связанные с телесными недостатками или болезнями, были распространены — они не несли злого умысла, а служили меткой приметой для идентификации человека в общине.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Кировской области и Пермском крае, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение прозвища. Встречается она и в Сибири, куда могла попасть с переселенцами из Вятки или Поморья.

В ономастике есть параллели: фамилии Болдырев, Боляков, Боляев образованы от схожих корней со значением «боль», «болезнь». Однако Болноков стоит особняком — его основа «болнок» почти не встречается в других фамилиях, что делает её уникальной в словообразовательном плане. Никакой связи с «болонкой» (породой собак) или «болоньем» (низиной) эта фамилия не имеет, хотя такие ошибочные трактовки иногда встречаются в любительских словарях.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить как крестьяне, так и служилые люди. В документах XVIII–XIX веков Болноковы встречаются среди государственных крестьян и мещан, реже — в купеческой среде. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что говорит о её сугубо народном, недворянском происхождении.