Фамилия Болотакунов — редкая и нестандартная по своему составу. Её сразу хочется разбить на две части: «Болот» и «Акун». Первая часть, «Болот», скорее всего, восходит к тюркскому имени Болот (или Полот). В тюркских языках это слово означает «сталь», «булат» — то есть имя давали с пожеланием крепости, твёрдости характера, как у закалённого металла. Имя Болот было распространено у татар, башкир, казахов и других народов.

Вторая часть фамилии, «-акунов», — самая интересная. Стандартный русский суффикс принадлежности — «-ов» («чей?» — Болотов). Здесь же мы видим «-акунов». Это указывает на то, что в основе лежало не просто имя Болот, а производная форма — Болотакун. Суффикс «-кун» или «-гун» в тюркских языках часто имеет значение принадлежности, происхождения или обладания качеством. Болотакун могло означать «сын Болота» или «человек, имеющий отношение к Болоту» (по аналогии с тем, как в русском языке от имени Иван образуется Иванович, а в тюркском — Иванкул, Иванбай). Таким образом, фамилия Болотакунов — это уже «русифицированная» версия отчества или родового прозвища Болотакун, к которому добавили русский суффикс «-ов».

Сословная принадлежность носителей фамилии неясна, но по модели образования (тюркское имя + русский суффикс) это типичная фамилия служилых татар, мещан или крестьян из регионов с сильным татарским влиянием — Поволжья, Приуралья или Сибири. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её узколокальном происхождении: скорее всего, она закрепилась за одним-двумя родами в конкретной деревне или слободе. С точки зрения словообразования, Болотакунов — яркий пример того, как тюркская родовая конструкция («Болот» + «акун») вписалась в русскую патронимическую систему («-ов»).