Фамилия Борисеева — женская форма от фамилии Борисеев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем Борис. Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени отца. В основе лежит имя Борис, а суффикс -еев указывает на принадлежность: «чей?» — Борисеев, то есть сын Бориса.

Однако здесь есть важная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков других, образованных от того же имени (Борисов, Борискин, Борисенко). Вместо стандартного суффикса -ов (Борисов) мы видим -еев. Такая модель встречается реже и обычно указывает на то, что имя-основа имело форму, оканчивающуюся на мягкий согласный или на -ий. В данном случае, скорее всего, в основе лежала не простонародная форма Борис, а полная церковнославянская форма Борисий или же усечённая разговорная Борися (с ударением на последний слог). От формы Борися с помощью суффикса -ев и получилось отчество Борисеев, которое затем закрепилось как фамилия. Такой вариант был более характерен для северных и центральных губерний России, где притяжательные прилагательные на -ев иногда вытесняли более привычные -ов.

Само имя Борис — скандинавского происхождения, сокращённая форма от Борислав («борющийся за славу»). На Русь оно пришло с крещением и стало особенно популярным после канонизации князей Бориса и Глеба. Таким образом, предок носителей фамилии Борисеевых мог быть человеком по имени Борис, но в документах его записывали не как «Борисов сын», а как «Борисеев сын» — по местной традиции или из-за особенностей произношения.

Встречается также вариант написания с одной «с» — Борисева, что является просто орфографической ошибкой или упрощением при записи в советское время. Правильным с точки зрения исторической этимологии считается двойное «с», так как оно сохраняет корень имени (Борис) и суффикс.