Фамилия Борнео — случай в русской ономастике редкий и почти наверняка не исконный. Если отбросить очевидную ассоциацию с индонезийским островом, то первое, что бросается в глаза: фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский). Это значит, что её принесли в Россию извне, либо она возникла в среде, где фамилии фиксировались по иностранному образцу.

Самая вероятная гипотеза — географическое прозвище. Остров Борнео был хорошо известен в Европе с XVI века, а в Российской империи — через морскую торговлю, колониальные экспедиции и карты. Прозвище «Борнео» могли дать человеку, который побывал в тех краях (матрос, купец, путешественник) или имел какую-то внешнюю или поведенческую черту, связывавшую его с этим далёким местом. В русской традиции прозвища по названиям экзотических земель давали редко, но для XVIII–XIX веков, особенно в среде моряков и дворян, это не исключение.

Менее убедительна версия о немецком или польском происхождении: в этих языках фамилия Borneo могла бы возникнуть от топонима Borne (например, в Германии или Польше) с добавлением суффикса, но прямой параллели с островом нет, и форма Борнео скорее указывает на итальянское или французское посредничество. Версия о связи с латинским корнем «born-» (рождать) или славянским «бор» (сосновый лес) натянута — фамилия не имеет типичных славянских морфем.

В русских документах фамилия Борнео встречается крайне редко. Известно, что в XIX веке носители могли быть связаны с дворянскими или купеческими родами, имевшими отношение к морским путешествиям, но массового распространения она не получила. Сегодня её обладатели — скорее всего, потомки тех, кто получил её как прозвище или в результате брака с иностранцами.

Главная особенность фамилии — её «говорящий» характер: она сразу вызывает образ далёких земель и, вероятно, изначально была призвана выделить человека среди односельчан или сослуживцев как «заморского» или много повидавшего.