Фамилия Бородыня — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, лишь с помощью суффикса -ыня. В русских фамилиях этот суффикс встречается нечасто, чаще он характерен для украинской и белорусской ономастики, где придаёт слову оттенок ласкательности или, наоборот, увеличительности. В случае с Бородыней он, скорее всего, несёт субъективную оценку: «бородыня» — это либо человек с большой, окладистой бородой, либо, наоборот, тот, кого дразнили за необычную или неопрятную бороду.

Основа фамилии прозрачна — «борода». На Руси борода была не столько деталью внешности, сколько маркером статуса и веры. До реформ Петра I её носили почти все мужчины, и прозвище Борода или Бородка давали не просто так, а за какую-то приметную черту: густоту, длину, цвет или форму. Прозвище Бородыня могли закрепить за крестьянином, купцом или даже священником — в среде духовенства борода была обязательной. Позже, когда фамилии начали оформляться в XVII–XIX веках, к прозвищу добавили суффикс принадлежности -ын, но в форме -ыня он слился с основой, создав впечатление цельного слова.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи. Встречается на Украине, в Беларуси и в южнорусских областях, где суффикс -ыня более органичен для местного говора. В центральных и северных губерниях предпочли бы форму Бородин или Бородаев — с более привычными суффиксами. Это косвенно указывает на то, что носители фамилии Бородыня — потомки выходцев из тех мест, где язык сохранил архаичные или диалектные словообразовательные модели.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бородыня стоит особняком. Бородин — самая распространённая, образована от Борода с помощью стандартного -ин. Бородавкин, Бородкин — уменьшительные варианты. А вот Бородыня не уменьшает и не увеличивает, а скорее фиксирует прозвище в той форме, в которой его дали. Это не фамилия-патроним («чей сын?»), а фамилия-прозвище, что для русского быта редкость: обычно прозвища переделывали в притяжательные формы. Бородыня — как раз тот случай, когда прозвище закрепилось целиком, минуя переосмысление.

В этимологических словарях фамилия не упоминается — она слишком редка для больших справочников. Но по аналогии с другими фамилиями на -ыня (например, Голыня, Худыня) можно уверенно говорить о её прозвищном происхождении. Никаких экзотических версий вроде тюркских корней или связи с географическими названиями здесь нет: основа славянская, прозрачная, и суффикс указывает на ту же традицию.