Фамилия Борокшонов — редкий пример, когда основа не поддаётся однозначному толкованию на славянской почве. В ней нет прозрачного корня вроде «бор-» или «бок-», который сразу дал бы отсылку к лесу или стороне. Скорее всего, перед нами русифицированная фамилия тюркского или монгольского происхождения, адаптированная русским суффиксом -ов.

Разберём суффикс: -онов (с беглой гласной «о») — типичная русская патронимическая модель, означающая «сын такого-то» или «принадлежащий». Но основа «Борокшон» не встречается в русских именах или прозвищах. Наиболее вероятная версия: в основе лежит тюркское имя или прозвище Борокшон, которое могло быть образовано от слова «борок» (в ряде тюркских языков — «волк») с аффиксом -шон, указывающим на принадлежность или уменьшительность. Тогда Борокшонов буквально — «сын человека, прозванного Волчонком» или «потомок того, кто из рода Волка». Волк — распространённый тотемный образ у тюркских народов, и фамилии с корнем «бору» (волк) встречаются у казахов, киргизов, алтайцев.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от искажённого «Борохшонов» — от имени Борохшон, которое в свою очередь восходит к арабскому «Барак» (благословение) через посредство персидского или тюркского произношения. В этом случае суффикс -шон — вариант форманта -жан/-шан (душа), популярного в Средней Азии. Но эта версия слабее, потому что требует лишнего фонетического перехода.

Географически фамилия Борокшонов встречается почти исключительно в России, преимущественно в регионах с тюркским населением: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области. Это косвенно подтверждает её восточное происхождение. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, получившими фамилию при переписях XIX века по прозвищу предка.

Поскольку фамилия редкая, в открытых источниках нет записей о знаменитых носителях, и этимология остаётся гипотетической. Но ключевая деталь, отличающая эту фамилию от десятков похожих: её основа почти наверняка не славянская, а тюркская, и при этом она не теряет связи с животным миром (волк), что типично для древних родовых имён кочевников.