Фамилия Бошкаева образована от мужского прозвища или имени Бошкай. Основа здесь — тюркское слово «бош», которое в разных языках означает «пустой», «свободный» или «голова». В калмыцком и монгольском «бошха» — это «бык-производитель», а в казахском «бос» — «свободный, вольный». Скорее всего, Бошкаем называли либо человека с крупной головой (от тюркского «баш» — голова, с переходом «а» в «о» под влиянием говоров), либо независимого, своенравного человека, которого не могли приручить. Версия с «быком» тоже возможна: такое прозвище могли дать крепкому, упрямому мужчине.

Суффикс -ев указывает на русский способ оформления фамилии по патронимической модели: Бошкаев — сын Бошкая. Окончание -а в женском варианте Бошкаева — стандартное для русских фамилий. Хотя основа явно тюркская, сама фамилия — результат межэтнических контактов, скорее всего, в среде калмыков, казахов или ногайцев, которые в XVII–XIX веках взаимодействовали с русским населением Нижнего Поволжья и Прикаспия.

Географически фамилия редкая, её очаг — Калмыкия, Астраханская область и приграничные районы Казахстана. Встречается и у русских, и у калмыков, что говорит о двойной адаптации: тюркская основа вошла в русскую модель фамилии. В дореволюционных метрических книгах Бошкаевы фиксировались в основном как крестьяне и казаки — в Астраханском казачьем войске, где были сильны тюркские и калмыцкие корни.

Однокоренные фамилии — Бошкалов, Бошкатов, Бошканов — имеют ту же основу «бошк-», но разные суффиксы. Бошкаев стоит особняком: в ней нет уменьшительного или пренебрежительного оттенка, только прямое указание на прозвище. Это типичная «прозвищная» фамилия, где исходное слово не переосмысливалось, а закрепилось в исходном значении.