Фамилия Бошкова образована от имени Бошко — фонетического варианта южнославянского имени Божко. Само имя Божко представляет собой краткую форму ряда славянских имен, начинающихся на Бог-: Богдан, Богуслав, Богумил, Боголюб. Все они имеют вполне понятную этимологию. Так, имя Богдан буквально означает «данный богом». В связи с распространением христианских имен на Руси имя Богдан стало менее употребительным, однако в других славянских странах (Болгарии, Польше) оно весьма популярно до сих пор. Часто это имя использовалось как славянский вариант имен Иоанн, Феодор и Феодот, имеющих то же значение. Покровителем имени Богдан считается святой мученик Феодот Кесарийский, который до крещения носил имя Богдан. Таким образом, изначально славянское имя Богдан со временем стало крестильным.

Сведения о представителях фамилии Бошковы содержатся в различных архивных документах. Так, в Книге памяти Алтайского края записан Бошков Георгий Михайлович, который родился в 1901 году в Бессарабской губернии. В Книге памяти Омской области отмечен гагауз-болгарин Бошков Дамиан Георгиевич, рожденный в 1888 году (Молдавия, Бессарабская губ., с. А из Сведений Одесского академического центра известен Бошков Иван Михайлович, рожденный в 1894 году в селе Задунаевка Аккерманского уезда.

География этих записей — Бессарабия и Одесчина — не случайна. Фамилия Бошкова (и её мужская форма Бошков) типична для болгарских и гагаузских переселенцев, которые в XIX веке осваивали южные степи Российской империи. Модель образования проста: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бошков — потомок человека по имени Бошко. Мужская форма фамилии — Бошков, женская — Бошкова. В отличие от русских фамилий на -ов, где ударение часто падает на окончание, в южнославянских фамилиях оно устойчиво держится на корне: Бо́шков, Бо́шкова.

Спорный момент: чередование ж/ш в корне. Исходное Божко (от «бог») в южнославянских говорах дало форму Бошко. Это не ошибка письма, а живой фонетический процесс — оглушение звонкого ж перед глухим к. Похожий переход видим в фамилиях Божко и Бошко, которые в Болгарии и Молдавии сосуществуют как варианты одного имени. Фамилия Бошкова — не русская по происхождению, а принесённая в Россию переселенцами, и её история тесно связана с болгарской и гагаузской диаспорами Причерноморья.