Фамилия Ботоногова образована от прозвища Ботоногий, которое закрепилось за предком из-за манеры ходьбы или привычки в одежде. Это составное прозвище, и его разбор даёт две основные версии происхождения.

Первая версия опирается на глагол «ботать» — в русских говорах он означал «качать, болтать, колебать, топать». Соединяясь с существительным «ноги», прозвище Ботоногий описывало человека, который ходил тяжело, грузно, громко топал. Так могли прозвать неуклюжего или крупного человека, чью поступь было слышно издалека.

Вторая версия связывает первую часть с «боты» — так называли высокие калоши или ботинки. Здесь прозвище могло отражать не походку, а внешность: человек постоянно носил боты, даже когда это было не по погоде или неудобно. Такая деталь быстро становилась заметной и переходила в уличное прозвище.

Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — с глаголом «ботать» — встречается в ономастике чаще. Глагол «ботать» дал жизнь нескольким прозвищам и фамилиям (Боталов, Ботаев), а сочетание с «ногами» создаёт конкретный и запоминающийся образ. Вторая версия, хоть и возможна, менее типична для русской прозвищной традиции, где реже используют предмет одежды как часть описания ног.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -ий дало основу Ботоногов-, к которой добавили типичный русский суффикс -ов. В женском варианте — Ботоногова. Такая схема характерна для большинства русских фамилий, возникших в XV–XVII веках, когда прозвища окончательно закреплялись за родами и передавались детям. Потомок человека по прозвищу Ботоногий со временем стал писаться как Ботоногов.

География фамилии неширокая: встречается в основном в центральных и северных регионах России, где говоры сохраняли слово «ботать». В южных областях, где преобладала другая лексика, фамилия редка. Это косвенно подтверждает первую версию — связь с диалектным глаголом, а не с общеупотребительными «ботами».