Фамилия Ботоноговы — один из тех редких случаев, когда в основе фамилии лежит не имя, не профессия, а прозвище, описывающее походку или манеру человека. Она образована от прозвища Ботоногий, которое представляет собой сложное слово, составленное из двух корней: глагола «ботать» (качать, болтать, топать) и существительного «ноги». Иными словами, Ботоногим в старину называли человека, который ходил тяжело, грузно, громко топал — неуклюжего и неловкого в движениях. Такая модель словообразования (основа глагола + «ногий») встречается и в других прозвищах той же эпохи, например, Косолапый или Кривоногий.

Существует и вторая, менее очевидная версия. Первая часть прозвища могла произойти не от глагола, а от слова «боты» — так раньше называли высокие калоши или ботинки. В этом случае Ботоногий — человек, который постоянно носил боты, даже когда это было не по погоде или неуместно. Такая привычка бросалась в глаза и легко закреплялась в качестве бытового именования. Обе версии правдоподобны, но первая — с глаголом «ботать» — кажется более убедительной: прозвища, связанные с походкой, встречаются в народной традиции гораздо чаще, чем прозвища по деталям обуви.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Ботоног- добавился суффикс -ов, означающий «сын Ботоногого» или «из семьи Ботоногого». Это типичная для русских фамилий схема, особенно распространённая в центральных и северных губерниях. Сама фамилия — достаточно редкая, что подтверждает её узкое, локальное происхождение: скорее всего, она закрепилась в одном или нескольких соседних сёлах, а не разошлась широко по стране.

Точное время возникновения фамилии Ботоноговы установить сложно. Прозвища такого типа активно переходили в фамилии в XV–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди начинали получать наследственные именования. Но без конкретных записей в писцовых книгах или ревизских сказках говорить о точной дате и месте можно только предположительно. Одно ясно: Ботоноговы — не дворянский род, а фамилия крестьянского или мещанского сословия, сохранившая в своей основе живое и меткое народное прозвище.