Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Ботоногов, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). Фамилия Ботоногов образована от прозвища Ботоногий. Оно, в свою очередь, является составным и восходит к двум словам: глаголу «ботать», который означает «качать, болтать, колебать, топать», и существительному «ноги». Таким образом, можно предположить, что основателю рода Ботоноговых дали это прозвище из-за особенностей походки предка. Скорее всего, он был неуклюж, грузен, громко топал ногами. Согласно другой версии, первая часть прозвища восходит к слову «боты», которое означает «высокие калоши, ботинки». В этом случае можно предположить, что прозвище отражало особенности внешности родоначальника Ботоноговых. Вероятно, что он всегда носил боты, даже в тех случаях, когда это было неуместно или не по погоде. Так и прозвище Ботоногий закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ботоногов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ботоногий, со временем получил фамилию Ботоногов.