Фамилия Ботоногов — яркий пример прозвищной фамилии, построенной по модели «основа прилагательного + -ов». Такие фамилии (ср. Кривошеев, Белоногов, Сухоруков) обычно закрепляли за человеком его характерную черту — внешнюю или поведенческую. В основе фамилии лежит прозвище Ботоногий, которое разбирается на две части: глагол «ботать» (качать, болтать, топать) и существительное «ноги». Скорее всего, прозвище дали человеку с тяжелой, громкой походкой — неуклюжему, грузному, топающему. Глагол «ботать» в говорах сохранял значение «стучать, бить», поэтому прозвище могло звучать почти как звукоподражание шагам.

Есть и вторая, менее очевидная версия. Первая часть может восходить к слову «боты» — высокие калоши или ботинки. Тогда Ботоногий — это человек, который постоянно носил боты, возможно, не по погоде или не к месту, и эта деталь внешности стала его главным отличием. Какая из версий вернее — сказать трудно, но первая, связанная с походкой, встречается в русской прозвищной традиции чаще: прозвища, описывающие манеру ходить (Топтун, Шаркун, Ботало), были распространены шире, чем прозвища по обуви.

Именования, построенные по такой же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Фамилия Ботоногов фиксирует прозвище в форме родительного падежа: буквально «чей?» — Ботоногов, то есть сын или потомок Ботоногого. Суффикс -ов указывает на древнейший тип русских фамилий, которые в XV–XVII веках закреплялись сначала за боярами и дворянами, а затем и за крестьянами. Где именно впервые появилась фамилия Ботоногов, сказать сложно: носители встречаются и в центральных областях России, и на Урале, но массового распространения она не получила. Это редкая фамилия, и её редкость — дополнительный ключ к истории: такие прозвища часто оставались в пределах одной семьи или небольшой волости, не становясь «модными» на всю губернию.