Фамилия Ботаногова — женская форма фамилии Ботаногов, которая образовалась от прозвища Ботаногий. В основе этого прозвища лежит описание человека, и у исследователей есть две основные версии его происхождения.

Согласно первой версии, прозвище составное: от глагола «ботать» (в одном из значений — «качать, болтать, топать») и существительного «ноги». Человек с такой характеристикой, скорее всего, отличался тяжелой, грузной походкой и громко топал. Прозвище закрепилось за ним как меткая бытовая характеристика.

Вторая версия связывает первую часть прозвища со словом «боты» — так раньше называли высокие калоши или ботинки. В этом случае Ботаногим могли прозвать человека, который постоянно носил боты, возможно, не по погоде или неуместно, что бросалось в глаза окружающим. Такая особенность одежды или обуви могла стать его главной отличительной чертой.

Обе версии правдоподобны, но первая — с описанием походки — встречается в русской ономастике чаще: модель «глагол + часть тела» типична для прозвищ (ср. Вертишейка, Косолапов). Какая бы из них ни была верной, прозвище Ботаногий закрепилось за родоначальником как основное именование, а затем перешло в фамилию Ботаногов. Её обладатели, в том числе и Ботаноговы, хранят в ней память о предке, который выделялся либо манерой ходить, либо пристрастием к необычной обуви.