Фамилия Бован происходит от мирского имени Бован, которое в старину было разговорной формой литературного имени Бова. Корни этого имени уходят в средневековый рыцарский роман «Буово д’Антона», который на русской почве превратился в популярную повесть «О Бове-королевиче». Подвигами сказочного героя зачитывались все сословия — не только крестьяне, но и знать. Сам Пушкин в детстве восхищался приключениями Бовы, и отзвуки этого образа заметны в «Руслане и Людмиле».

Имя Бован, в отличие от полной формы Бова, несёт на себе отпечаток народной языковой традиции: суффикс -ан характерен для разговорных, «опрощённых» вариантов имён (ср. Иван, Степан). Так могли назвать ребёнка в честь любимого книжного героя — случай для допетровской Руси нечастый, ведь обычно мирские имена давали по обережному или бытовому принципу.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Бованов сын, то есть Бован). Так что первые носители фамилии — потомки человека по прозвищу или мирскому имени Бован. Фамилия эта редкая и по сей день встречается в основном на юге России и в некоторых областях Украины, что косвенно подтверждает её книжное, а не диалектное происхождение: повесть о Бове-королевиче была особенно популярна именно в этих регионах.

Других версий происхождения фамилии, кроме как от имени сказочного героя, ономастика не предлагает — и это тот случай, когда единственная гипотеза оказывается самой убедительной.