Фамилия Бовинов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием стоит не крестьянское прозвище, а книжная, почти сказочная история. Её основа — старинное мирское имя Бова, которое давали детям в память о герое популярной повести «О Бове-королевиче». Этот сюжет пришёл на Русь из средневекового рыцарского романа о Буово д’Антоны через тюркско-калмыцкое посредничество. Имя было настолько узнаваемым, что его носили не только простые крестьяне, но и дети боярские. В «Ономастиконе» Степана Веселовского упоминаются, например, Бова Семенович Воробин (середина XVI века, Рязань) и Епифаний Богданович Бова Скрипицын, сын боярский патриарха (1601 год). Александр Пушкин в детстве зачитывался историей о подвигах Бовы-королевича, и след этого образа заметен в поэме «Руслан и Людмила».

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Бова добавили суффикс принадлежности -ин, а затем окончание -ов, характерное для фамилий, возникших из притяжательных прилагательных. В итоге Бовинов буквально означает «потомок Бовы». Такая двойная суффиксация (сначала -ин, потом -ов) встречается реже, чем простой вариант Бовин, и может указывать на более позднее оформление фамилии или на влияние канцелярской записи, где стремились к единообразию окончаний. Географически фамилия тяготеет к старым рязанским и московским землям — именно там зафиксированы ранние носители имени Бова.