Фамилия Бовенко — из числа тех, что образованы от личного имени, в данном случае от редкого мужского имени Бова. Имя это имеет тюркско-калмыцкое происхождение и в переводе с калмыцкого означает «отец, глава клана». Казалось бы, корни не славянские, но имя прижилось на русской почве благодаря литературе.

В старину на Руси была широко известна повесть «О Бове-королевиче», заимствованная из средневекового рыцарского романа «Буово д’Антона». Этот сюжет пользовался огромной популярностью: маленький Пушкин, по его собственным воспоминаниям, восторгался подвигами Бовы, и отголоски этого образа прослеживаются в «Руслане и Людмиле». Именем Бова нарекали детей не только крестьяне, но и представители привилегированного сословия — настолько сильным было влияние этой сказки.

Украинский суффикс -енко, который мы видим в фамилии, типичен для Поднепровья и Левобережной Украины. Он означал «маленький», «сын» или «потомок». Бовенко — буквально «сын Бовы». Такую фамилию мог получить человек, чьего отца или деда звали этим необычным именем. Со временем прозвище закрепилось как наследственное родовое имя. В отличие от многих фамилий на -енко, которые могли возникать от названий ремёсел или прозвищ, эта имеет книжное, литературное происхождение, что выделяет её из общего ряда.