Фамилия Бойдала — редкая и по звучанию, и по происхождению. Она почти наверняка не русская, а пришла из тюркских языков, где слово «бой» означает «рост», «высота» или «стан». Вторая часть, «дала», может быть вариантом тюркского «дал» — «ветвь», «ветка», или же глагольной формой. Скорее всего, в основе лежит сложное прозвище, которое дали человеку за высокий рост или стройную фигуру: что-то вроде «высокий, как ветвь» или «стройный стан». Ударение, судя по тюркской модели, падает на последний слог — Бойдала́.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. В ней нет типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Фамилия застыла в форме чистого прозвища, без дополнительного оформления. Это характерно для украинской, молдавской или южнорусской традиции, где фамилии нередко оставляли в виде нарицательного слова. Однако географически Бойдала чаще встречается на Северном Кавказе и в Поволжье, в зонах контакта с тюркскими народами — ногайцами, татарами, башкирами. Поэтому возможна и версия, что фамилия — русифицированная форма тюркского родового имени.

Есть и альтернативная, менее вероятная гипотеза: что «Бойдала» — это искажённое «Богдала» или «Байдала», где первый элемент восходит к тюркскому «бай» (богатый, господин). Но в таком случае ожидалось бы написание «Байдала», а не «Бойдала». Разница в гласной указывает на то, что в основе всё же лежит слово «бой» (рост), а не «бай». Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение — прозвище по внешнему признаку, данное предку-тюрку или человеку, жившему в смешанной среде.

В русском контексте фамилия могла появиться через крещение или переход в православие, когда прозвище записывали без изменений. Сословная принадлежность носителей в прошлом, скорее всего, была крестьянской или казачьей — в среде, где фамилии фиксировали поздно и часто по прозвищам. Известных исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её локальный и редкий характер.