Фамилия Бойкиня — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив исходный суффикс. В основе лежит украинское или южнорусское прилагательное «бойкий» — то есть расторопный, ловкий, находчивый. Так могли прозвать человека за живость характера, быстроту в делах или острый язык. Суффикс -ыня в восточнославянских фамилиях встречается нечасто: он скорее характерен для белорусской и украинской традиции, где образует прозвища по яркому признаку (сравните: «кривда» — неправда, «добрыня» — добрый человек). В русском ономастиконе эта модель редка, и Бойкиня стоит в одном ряду с фамилиями вроде Добрыня или Молчиня, но с более конкретным, «ремесленным» оттенком: бойкого человека не просто выделяли, а закрепляли за ним это качество как постоянную характеристику.

Скорее всего, фамилия сложилась в среде крестьян или казаков: в среде, где расторопность ценилась в быту и труде. Географически корни стоит искать на юге России, в Беларуси или на востоке Украины — там, где слово «бойкий» бытовало в бытовой речи. В письменных источниках фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер: она не попала в ранние переписные книги, а закрепилась в XIX веке, когда фамилии давали по прозвищам уже без участия церкви.

Однокоренных фамилий немного: Бойко (самая частая), Бойков, Бойченко. Но Бойкиня стоит особняком — из-за суффикса она звучит не как патроним («чей сын?»), а как прямое прозвище: «вот этот бойкий человек». Это делает фамилию не просто семейным именем, а живым отпечатком характера предка.