Фамилия Бойтан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разбирать её не по привычной русской модели на -ов или -ин, а по суффиксу -ан. Этот суффикс в русских фамилиях встречается реже, но он говорит о многом: обычно так образовывали прозвища от глаголов или характерных черт человека. В основе здесь, скорее всего, глагол «бойтать» или «бойтить» — диалектное слово, означавшее «болтать», «качать», «трасти». В некоторых говорах «бойтать» значило «говорить вздор» или «пустословить». Тогда Бойтан — это прозвище болтуна, говорливого или суетливого человека.

Есть и другая, более конкретная версия, связанная с ремеслом. В южнорусских и украинских говорах «бойтать» могло означать «бить шерсть» или «валять» (войлок). В таком случае Бойтан — это прозвище валяльщика, мастера по войлоку. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Бойтан встречается в основном на западе России и на Украине, где валяльное дело было распространено. Модель образования проста: основа глагола (бойт-) плюс суффикс -ан, который в прозвищах часто указывал на деятеля, склонного к действию.

Фамилия не получила широкого географического распространения и не вошла в дворянские родословные. Это крестьянская или ремесленная фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по занятию или по поведению. Поскольку суффикс -ан не типичен для центральных великорусских фамилий (там чаще -ун или -ак), можно предположить, что фамилия сформировалась под влиянием западнорусских или украинских говоров. В русских документах она могла писаться как Бойтан, Байтан или Бойтанов — вариации зависели от грамотности писаря и местного произношения. Сравните с однокоренными фамилиями Бойташ, Бойтун или Бойтюк — они подтверждают, что корень «бойт-» был живым в народной среде.