Фамилия Братишко образована от прозвища, в основе которого лежит слово «брат». Исходное значение, скорее всего, не кровное родство, а дружеское обращение или указание на близкие отношения. Такие прозвища давали названому брату, побратиму или просто товарищу, с которым делили быт или опасность. В казачьей среде, например, «братишкой» могли называть младшего по возрасту или положению, но не чужака.

Форма Братишко, а не Братишка, указывает на украинское или белорусское происхождение. Суффикс -к-о (а не -к-а) типичен для западнорусских земель и юга России. В польской ономастике тоже встречается модель с окончанием -ко, но в случае с этой фамилией корень славянский и прозрачный. Если бы фамилия закрепилась в великорусских говорах, она скорее получила бы окончание -ов (Братишков) или -ин (Братишкин). Сохранение исходной формы без патронимического суффикса — признак того, что прозвище зафиксировали в документах именно так, как звали человека в быту.

Встречается фамилия в записях XVII–XVIII веков на территории Гетманщины и Слобожанщины. Там «братишкой» нередко называли не только друга, но и младшего монаха или послушника в братстве. Впрочем, для фамилии эта версия менее вероятна: прозвище обычно давали мирянам, а не духовным лицам.

Однокоренные фамилии — Братов, Братищев, Братухин — образованы по другой модели. Братишко стоит особняком из-за уменьшительно-ласкательного суффикса, который со временем перестал восприниматься как уменьшительный и стал просто фамильным окончанием. Носитель фамилии Братишко мог быть либо выходцем из среды, где ценились побратимские связи, либо человеком, получившим прозвище за приветливый нрав и умение ладить с людьми.