Фамилия Братковы — одна из тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит диалектное слово «браток». Так в народе называли не только родного брата, но и вообще близкого человека, приятеля, а иногда и просто обращались к младшему или ровеснику. Прозвище Браток могло закрепиться за человеком, который часто так обращался к другим, либо за тем, кто приходился кому-то братом и это родство стало его главной приметой.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для восточнославянских фамилий: к основе «Браток» добавили патронимический суффикс -ов. Буквально фамилия означает «сын Братка» или «потомок того, кого прозвали Браток». В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (Браткин), форма Братков указывает на основу, заканчивающуюся на твёрдый согласный.

Интересно, что фамилия Братковы встречается не только у русских. В украинской ономастике есть патроним Братків, а у поляков — Bratkowski. Но для русской традиции характерно именно окончание -ов. Встречается фамилия и в двойной форме — Братков-Браткевич, что говорит о её бытовании в среде польской шляхты или украинской казацкой старшины, где было принято соединять фамилии.

О точном месте возникновения фамилии судить трудно: процесс формирования фамилий на Руси шёл несколько столетий, и прозвище Браток могло появиться в любом регионе. Однако по переписям и ревизским сказкам Братковы чаще фиксируются на юге России, в бывших казачьих областях, а также в Сибири, куда переселенцы приносили фамилию с собой.

В современном русском языке у фамилии есть омонимы: например, Братков — это ещё и топонимическая фамилия от названия села Братково, но такое происхождение встречается реже. Основная версия — прозвищная, и она же самая правдоподобная.