Фамилия Бражнюк образована от прозвища Бражнюк, которое, в свою очередь, связано со старинным русским напитком — брагой. Это слабоалкогольное питьё, которое готовили путём сбраживания сусла из ячменного солода и ржаной или овсяной муки с добавлением хмеля. В зависимости от основы брага получалась разной: из ржаной муки — тёмная, с хлебным вкусом, из овсяной — «белая», или «овсянка». Брагу варили испокон веку, ещё до того, как на Руси освоили перегонку, и употребляли её в больших количествах во время народных гуляний. Закон долгое время не ограничивал её приготовление, пока в 1652 году не вышли «Правила о кабаках»: крестьянам разрешили варить брагу для домашнего употребления только четыре раза в год — на Пасху, Дмитриевскую субботу, Рождество и Масленицу, а также по случаю крестин и свадеб. Пить её можно было не дольше недели, после чего «кабацкие головы» опечатывали остатки.

Скорее всего, прозвище Бражнюк относилось к профессиональным именованиям — так могли назвать человека, который занимался изготовлением браги. Суффикс -юк характерен для западнорусских, украинских и белорусских фамилий, что указывает на возможное географическое происхождение рода. В письменных источниках встречаются и однокоренные именования: например, холоп Амвросий Брага (1594, Новгород), Брага Огарков Симанский (1571), крестьянин Иван Брагин (1502, Новгород), посадские люди Брагины (XVII век, Тотьма). Известны также Бражники: Василий Иванович Бражник Заболоцкий (1495), Яков Павлович Бражник Вердеревский (первая половина XVI века, Рязань), подьячий Афанасий Бражников (1614, Москва) и старец Вассиан Бражницын (1612, Нижний Новгород).

Фамилия Бражнюк — более поздняя и локальная форма, которая сохранила ту же основу, но с другим патронимическим суффиксом. Если Бражниковы или Брагины распространены шире, то Бражнюк встречается реже и чаще привязан к юго-западным регионам. Таким образом, предки носителя этой фамилии скорее всего были не просто любителями хмельного напитка, а людьми, которые его профессионально варили — возможно, к праздникам или на заказ.