Фамилия Брегина — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от мужских имён или прозвищ (Иван — Иванов, Иванин), здесь основа женского рода. Исходное слово — «брегиня». Это диалектное, прежде всего южнорусское и украинское, название берегини — мифологического существа, духа, охраняющего берег, поле и дом. В народном христианстве берегинь нередко смешивали с русалками, но изначальный смысл слова — оберегающая, защитница.

Модель образования проста: прозвище Брегиня (или мирское имя, данное в охранительных целях) перешло в фамилию через типичный русский суффикс принадлежности -ин. Брегина буквально означает «жена (или вдова) Брегини» либо «дочь Брегини». В крестьянской среде, где фамилии закреплялись в XIX веке, так могли назвать женщину, чей муж или отец носил прозвище Брегиня. Само прозвище могли дать человеку суеверному, знающему заговоры, либо, наоборот, тому, кто жил у реки и считался её хранителем.

С географией всё однозначно: фамилия Брегина почти не встречается за пределами юга России и востока Украины. Наибольшая плотность — в Ростовской, Воронежской, Белгородской областях и в бывшей Слобожанщине (Харьковщина). В центральных и северных регионах России она редка. Это косвенно подтверждает украинский или южнорусский говорный источник: именно там слово «берегиня» произносили как «брегиня» с твёрдым «р».

Интересно сравнение с фамилией Берегин. Обе образованы от одного корня, но Берегин — более поздняя, литературная форма, а Брегина сохранила диалектную фонетику. Встречаются также фамилии Бережной, Бережков — они тоже от «беречь», но через прозвище по месту жительства (у берега). Брегина стоит особняком: её основа — не топографический признак, а личное или семейное прозвище с оттенком народной мифологии.

Никакой связи с польским brzeg (берег) или с фамилией Бжегина (польский вариант) нет. Это разные ономастические традиции: польская фамилия Бжегина — топонимическая, от названия населённого пункта, а русская Брегина — прозвищная, антропонимическая.