Фамилия Брунага — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, что сразу выдаёт нерусскую или искусственную модель образования. Скорее всего, перед нами фамилия, закреплённая в той форме, в которой её записал писарь, — без адаптации под местные словообразовательные стандарты.

Наиболее вероятная версия связывает основу «брун-» с диалектным или западным корнем. В немецком языке «brun» означает «коричневый» (ср. фамилию Браун), а в некоторых славянских говорах «брун» — тёмный, смуглый, иногда с оттенком «грязный» или «нечистый». Суффикс «-аг-» встречается в южнославянских и западнославянских фамилиях (ср. сербские и хорватские фамилии на -ага, -ега), а также в древнерусских прозвищах, где он служил для образования имён по характерному признаку (Верзила, Бородага). Таким образом, Брунага могло означать «смуглый человек» или «темноволосый» — прозвище, данное по внешности.

Вторая, менее распространённая версия — от личного имени Бруно через уменьшительную или прозвищную форму. Имя Бруно (германское, означает «броня» или «коричневый») было известно в католических регионах, но могло попасть в русскую среду через выходцев из Польши или Прибалтики. Прозвище Брунага тогда означало бы «сын или человек Бруно».

Географически фамилия тяготеет к западу России и Украины. Встречается в документах конца XIX — начала XX века в Волынской, Гродненской и Минской губерниях, а также среди переселенцев из этих мест в Сибирь. Социально носителями могли быть крестьяне или мещане — фамилия не выглядит дворянской или духовной, так как не имеет книжного, искусственного окончания.

Есть ещё одна деталь, которая выделяет Брунагу среди похожих фамилий: она почти не меняла форму при переходе в русскую среду. Если бы фамилию русифицировали, она могла бы стать Брунагов или Брунагин, но этого не произошло. Писарь, видимо, записал прозвище так, как услышал, и оно закрепилось в неизменном виде — с ударением на второй слог (Бруна́га). Это делает фамилию своеобразным языковым следом, сохранившим старую диалектную или иноязычную основу без переделки.