Фамилия Брунина — женская форма, но разговор логичнее начинать с мужского варианта Брунин, от которого она образована. Это типичная «патронимическая» модель на -ин: такую фамилию давали по имени или прозвищу отца, которое оканчивалось на -а или -я. В основе лежит прозвище Бруня.

Что такое Бруня? Самый прямой путь — к слову «брунеть» или «брунный» в диалектах. В северных и сибирских говорах «брунеть» значило «темнеть», «чернеть», а «бруной» называли смуглого, черноволосого человека. Прозвище Бруня могли дать за тёмный цвет волос или смуглую кожу — точно так же, как Смугляк или Черныш. Эта версия наиболее правдоподобна и лежит на поверхности.

Есть и другая, более редкая возможность. В псковских и тверских говорах «брун» — это разновидность овса, а «брунеть» — колоситься. Тогда Бруня — прозвище земледельца или человека, связанного с полем. Но эта гипотеза слабее: прозвища от названий злаков встречаются, но реже, чем от внешних признаков.

Иногда фамилию Брунина путают с Бруниной — от итальянской фамилии Бруни (тоже «смуглый»), но это другая история. Русская Брунина — местная, крестьянская или мещанская, без итальянского следа.

Фамилия редкая, но встречается в центральных областях России и в Поволжье. Суффикс -ин указывает, что предок носителя — Бруня, скорее всего, был простым человеком: такие фамилии в XVI–XVII веках закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, а не за дворянами.