Фамилия Бруненко звучит на украинский лад — её выдаёт суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына» или «потомка» в Поднепровье и на Слобожанщине. Если перед вами Бруненко, корни почти наверняка ведут в украинские земли, где такая модель фамилий вытеснила более древние прозвища.

Основа Брун- — самая спорная часть. В украинской ономастике её обычно связывают с диалектным словом «брун» или «брунька» (почка, росток, бутон). Прозвище Брунь, Брун мог получить человек с пышными кудрями, напоминающими распускающиеся почки, или, наоборот, низкорослый, коренастый — от «брунькуватий» (сбитый, плотный). Менее вероятна, но возможна связь с немецким «Braun» (коричневый) — через переселенцев или солдат, осевших на украинских землях, но для фамилии с суффиксом -енко это скорее исключение.

В польских и белорусских говорах «брун» означало «грязь, слякоть» — тогда прозвище могло быть ироничным, данным человеку, который вечно ходит в грязи (крестьянину, пастуху). Однако в украинской среде, где фамилия закрепилась, эта версия менее популярна.

Сословный состав носителей фамилии Бруненко — почти поголовно крестьяне и казаки. Суффикс -енко редко встречается у дворянских родов (там преобладали -ов/-ев и -ский), поэтому предки, скорее всего, были реестровыми казаками или вольными хлеборобами. В современных украинских справочниках фамилия встречается в Черкасской, Полтавской и Киевской областях — то есть в историческом центре казацких земель.

Однокоренные фамилии — Брунь, Бруненко, Брунчук — образуют гнездо с одной основой, но с разными суффиксами, что типично для одной местности: в одном селе могли жить Бруненко (сын Бруня) и Брунчук (маленький Брунь). Различие в суффиксе указывает на разные ветви одного рода или на соседние диалектные зоны.