Фамилия Брусникины образована по простой и ясной модели: к основе — прозвищу Брусника — добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — брусникин сын). Этот суффикс типичен для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. Поэтому, скорее всего, предки Брусникиных жили где-то в этих краях.

Само прозвище Брусника восходит к названию растения — низкорослого вечнозеленого кустарника с красными ягодами. В народной культуре брусника ценилась не только как лакомство, но и как лекарство: отвары из листьев и ягод применяли при простуде и авитаминозе. Отсюда и первая версия происхождения прозвища: Брусникой могли прозвать знахаря или травника, который лечил сборами. Вторая версия — более бытовая: прозвище могли дать человеку за румянец, похожий на цвет ягод, или за любовь к этой ягоде. Третья версия — обрядовая: в древности родители давали детям «растительные» имена, чтобы природа приняла младенца как своего и передала ему силу и здоровье.

Фамилия Брусникин — не единственная в этой группе. Есть однокоренные Брусничников (от названия сборщика ягод или торговца), Брусничный (от прозвища по месту жительства у брусничника) и просто Брусников. Брусникин отличается именно суффиксом -ин, что выдает его патронимическое происхождение: это фамилия не по ремеслу, а по личному прозвищу отца.

О точном времени появления фамилии судить сложно. Массовое закрепление фамилий у крестьян произошло после отмены крепостного права в 1861 году, но отдельные носители прозвища Брусника могли получить фамилию и раньше — в среде посадских людей или однодворцев. Чтобы узнать, когда именно Брусникины появились в вашем роду, нужны генеалогические разыскания по конкретным губерниям.